Conozco dos centros catalogados así y no son peores que otros. Los dos estaban en zonas con más población gitana que la media, así que supongo que por eso los calificaron de ese modo.

(Hay que tener en cuenta que la legislación española sobre educación es racista, pues en su definición de educación compensatoria considera entre las posibles fuentes de desventaja educativa la "etnia", en sí misma).

Que sea más difícil ejercer en estos centros depende de cada caso. A veces es más complicado lidiar con niñatos malcriados, hijos de niñatos malcriados, en zonas de alto poder adquisitivo.
En todo caso, ya que es una lista totalmente desactualizada y que hoy en día hay centros plagados de latin kings y DNPs que no están en esa lista, y considerando que dan puntos extras para concursos, quizás no sea mala idea arriesgarse a pedir algunoi de ellos, si además te conviene por cercanía u otros motivos.